La préservation du bâti ancien face aux risques naturels, notamment sismiques, pose de nombreuses difficultés. Les pays à risque sismique moyen, comme la France, souhaitent protéger ce patrimoine particulièrement sensible mais très nombreux. Notre travail cherche donc à répondre aux deux impératifs de la grande échelle ou du nombre très important d'édifices à diagnostiquer à l'échelle d'une région, et de l'analyse pertinente du comportement sous séisme de structures historiques maçonnée. Nous nous appuyons sur l'étude le patrimoine vernaculaire très riche constitué des églises et chapelles baroques des hautes vallées de Savoie française. Nous présentons d'abord les choix que nous avons faits et les outils nous avons développés pour répondre aux impératifs identifiés. Puis nous développons comment nous avons utilisé des mesures sous bruit ambiant pour caler et valider des modèles de structures complexes peu connues. Enfin, nous expliquons comment nous avons défini un critère seuil d'endommagement en confrontant différentes approches, numériques et cinématique.